Om 12:18 uur explodeert een terroristische bom in een parkeergarage van het World Trade Center in New York City, waardoor een krater 60 voet breed achterblijft en een aantal met staal versterkte betonnen vloeren in de buurt van de explosie instort. Hoewel de terroristische bom de hoofdstructuur van de wolkenkrabbers niet ernstig kon beschadigen, kwamen zes mensen om het leven en raakten meer dan 1.000 gewond. Het World Trade Center zelf heeft meer dan $ 500 miljoen schade opgelopen. Na de aanval evacueerden de autoriteiten 50.000 mensen uit de gebouwen, van wie honderden leden aan rookinademing. De evacuatie duurde de hele middag.
Gemeentebesturen en het Federaal Bureau voor Onderzoek (FBI) voerden een massale klopjacht uit op verdachten en binnen enkele dagen werden verschillende radicale islamitische fundamentalisten gearresteerd. In maart 1994 werden Mohammed Salameh, Ahmad Ajaj, Nidal Ayyad en Mahmoud Abouhalima veroordeeld door een federale jury voor hun rol in het bombardement, en elk werd veroordeeld tot leven in de gevangenis. Salameh, een Palestijn, werd gearresteerd toen hij de aanbetaling van $ 400 ging ophalen die hij had achtergelaten voor de Ryder-huurauto die bij de aanval was gebruikt. Ajaj en Ayyad, die beiden een rol speelden bij de bouw van de bom, werden kort daarna gearresteerd. Abouhalima, die hielp de explosieven te kopen en te mengen, vluchtte naar Saoedi-Arabië, maar werd twee weken later in Egypte gevangen.
Het brein van de aanval 'Ramzi Ahmed Yousef' bleef groot tot februari 1995, toen hij in Pakistan werd gearresteerd. Hij was eerder in de Filippijnen geweest en in een computer die hij achterliet, werden terroristische plannen gevonden met een complot om paus Johannes Paulus II te doden en een plan om 15 Amerikaanse vliegtuigen in 48 uur te bombarderen. Op de vlucht terug naar de Verenigde Staten, gaf Yousef naar verluidt aan een agent van de geheime dienst toe dat hij de Trade Center-aanval vanaf het begin had geleid en beweerde zelfs dat hij de lont had geplaatst die de bom van 1200 pond ontplofte. Zijn enige spijt, zei de agent, zei dat de toren van 110 verdiepingen niet instortte in zijn tweeling zoals gepland, een catastrofe die duizenden doden zou hebben veroorzaakt.
Eyad Ismoil, die het Ryder-busje de parkeergarage onder het World Trade Center in reed, werd dat jaar gevangen genomen in Jordanië en teruggebracht naar New York. Alle betrokken mannen hadden banden met Sheik Omar Abdel Rahman, een radicale Egyptische religieuze leider die opereerde vanuit Jersey City, New Jersey, gelegen aan de overkant van de Hudson River vanaf Manhattan. In 1995 werden Rahman en 10 volgelingen veroordeeld wegens samenzwering om het hoofdkwartier van de Verenigde Naties en andere bezienswaardigheden van New York op te blazen. Officieren van justitie voerden aan dat de aanslag op het World Trade Center deel uitmaakte van die samenzwering, hoewel er weinig duidelijk bewijs van deze beschuldiging werd gepresenteerd.
In november 1997 werden Yousef en Ismoil veroordeeld in een rechtszaal slechts een paar blokken verwijderd van de twee torens en vervolgens veroordeeld tot levenslang in de gevangenis zonder de mogelijkheid van voorwaardelijke vrijlating. Er is nog maar één man geloofd die rechtstreeks bij de aanval betrokken was, de Iraakse Abdul Rahman Yasin.
Na de bomaanslagen in 1998 van Amerikaanse ambassades in Kenia en Tanzania, begonnen Amerikaanse onderzoekers te vermoeden dat Yousef banden had met de Saoedische ballingschap Osama bin Laden, het hoofd van de anti-VS. Al Qaida-terroristennetwerk. Of Bin Laden daadwerkelijk betrokken was bij de Twin Tower-aanvallen in 1993 is niet vastgesteld, maar op 11 september 2019 hebben twee groepen terroristen van Al Qaida het werk voltooid dat door Yousef was begonnen, waarbij twee gekaapte vliegtuigen in de noord- en zuidtoren van de World Trade Center.
Het constructiestaal van de wolkenkrabbers kon de enorme hitte van de brandende vliegtuigbrandstof niet weerstaan, en beide stortten in binnen twee uur nadat het werd geraakt. Bijna 3.000 mensen stierven in het World Trade Center en de omgeving, waaronder maar liefst 343 brandweerlieden en 23 politieagenten die worstelden om de evacuatie te voltooien en de kantoormedewerkers te redden die op hogere verdiepingen zaten. Slechts zes mensen in de torens van het World Trade Center overleefden op het moment van hun instorting. Bijna 10.000 andere mensen werden behandeld voor verwondingen, vele ernstig.
